Vyrúbaním pôvodných zmiešaných lesov, najmä jedľovobukových v stredných polohách a vysadením smrekovej monokultúry sa zmenili rastlinné spoločenstvá. Lesy napriek tomu dnes zaberajú až 62,8 % katastra obce Mútne, pričom rozsiahlejšie lesné komplexy sa nachádzajú v jeho severnej a severozápadnej časti, najmä v komplexe Pilska.
     Odvodnením zamokrených pôd najmä na alúviu Mútňanky sa narušili podmienky pre existenciu slatinno-rašelinných druhov. Pasením dobytka, hnojením a rôznou ľudskou činnosťou sa menili a menia spoločenstvá rastlín. Veľkoplošným rozoraním plôch, odstránením zelene a medzí sa zmenil charakter značnej časti územia.
     Na základe vertikálneho členenia môžeme v katastri Mútneho rozlíšiť 4 zonálne stupne:
     l. podhorský stupeň 710 - 900 m n. m.
     2. nižší horský stupeň 900 - 1 200 m n. m.
     3. vyšší horský stupeň 1 200 - 1 400 m n. m.
     4. subalpínsky stupeň 1 400 - 1 557 m n. m.
     Pre jednotlivé zonálne stupne sú charakteristické rôzne rastlinné spoločenstvá so špecifickou floristickou skladbou. Na alúviách Mútňanky, čiastočne Mútnika a Javorového potoka ako aj ich prítokov, menej okolo pramenísk, sa zachovali podhorské a horské lužné lesy. Stála prítomnosť pramenistej vody, jej chemické zloženie, zrážky, nepriepustné podložie a ostatné klimatické faktory sa pričinili o vznik charakteristickej vegetácie rašelinných lúk a močiarov. Severnú a severozápadnú časť územia zaberajú smrekové lesy. V nadmorskej výške od 900 (800) - 1 200 m sa vyskytujú jedľové smrečiny, v nadmorskej výške nad 1 200 m pravé horské smrečiny (smrekové lesy čučoriedkové).  V chotári Mútneho sa vyskytujú mnohé druhy rastlín, ktoré sú vo svojej existencii ohrozené, zraniteľné resp. vzácne, a preto im treba venovať zvýšenú pozornosť. Z ohrozených, zraniteľných a vzácnych druhov (podľa Maglocký a kol., 1983, 1993) sa v katastri obce vyskytuje cca 90 druhov z predmetných skupín.
     Za najvzácnejší nález z posledného obdobia možno považovať výskyt vŕby čučoriedkovej (Salix myrtilloides) na Mútňanskej píle. Je to zatiaľ jediný potvrdený výskyt predmetného kriticky ohrozeného druhu na Slovensku. Vzácny je i nález drobnej orchidey trčníčka jednolistého (Microstylis monophyllos) na Mútňanskej píle.